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クチナシは多様な色素を持つ天然色素原料である。黄色色素のクロシンはカロテノイドの一種、青色色素のゲニポシドはイリドイド配糖体である。クロシンはサフランなどにも含まれる黄色の色素成分で、ゲニポシドは青色の色素成分である。クチナシはこれら以外にも様々な色素を含んでおり、抽出・分離、化学反応によって様々な色を作り出すことができる。